Il Dipartimento di Fisica è sede di due Dottorati di Ricerca: il Dottorato di Ricerca in Fisica, afferente totalmente al Dipartimento di Fisica, eil Dottorato di Ricerca in Nanotecnologie. Il Dipartimento è anche sede di un Master di II livello in Fisica Medica.

Il Dottorato in Fisica è attivo a Trieste ininterrottamente dal novembre 1985.

Il Dottorato in Nanotecnologie, istituito in collaborazione con altri dipartimenti, è attivo dal XVII ciclo.

Nel gennaio 2006, i due Corsi di Dottorato sono divenuti Scuole di Dottorato con la stessa dicitura Fisica e Nanotecnologie.

Con regolamento ministeriale sul dottorato DM 45/2013, le due Scuole sono diventate Dottorato di Ricerca.

Il Master di II di Fisica Medica è attivo da gennaio 2014 ed e’ proposto ed organizzato congiuntamente da Università di Trieste e dal International Centre for Theoretical Physics (ICTP).